人気のFTPクライアントである「Cyberduck」には暗号化ツールの「Cryptomator」が搭載されています。
この機能を使うことで、Cyberduckはファイルをローカルで暗号化してからレンタルサーバーにアップロードをすることが出来ます。
エンドツーエンド暗号化なので、アップロードしたデータはレンタルサーバーの管理者（運営する企業）にも内容を見られることはありません。
また、Cryptomatorは、ファイルを1つずつ個別に暗号化する仕組みのため、VeraCryptのように仮想コンテナ全体を暗号化する方式よりも扱いやすいです。
VeraCryptでは、まず暗号化された仮想コンテナを作成し、その中にファイルを保存します。そのため、ファイルを1つだけ変更した場合でも、アップロード時はコンテナ全体を転送しなければなりません。不安定なFTP環境やアップロード容量に制限のあるクラウドストレージでは、この方式は効率が悪く、場合によっては保存できないこともあります。
一方、Cryptomatorは変更したファイルだけを個別にアップロードできるためFTPやクラウドストレージとの相性にも優れています。
参考：Cyberduckでオンラインストレージをエンドツーエンド暗号化する（己で解決！泣かぬなら己で鳴こうホトトギス）
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